Το 430 π.Χ. που ήταν το δεύτερο έτος του Πελοποννησιακού πολέμου, έπεσε στην Αθήνα φοβερός λοιμός, που τον είχαν μεταφέρει τα πληρώματα των Αθηναϊκών πλοίων, όταν επέστρεψαν από την Πελοπόννησο. Τότε ασθένησε σοβαρά και ο Θουκυδίδης και χάρη στην λεπτομερή περιγραφή της ασθένειάς του από τον ίδιο, από την εμφάνισή της έως και την ίασή του, γνωρίζουμε σήμερα το είδος του λοιμού και την τεράστια συμφορά που επέφερε στους Αθηναίους και κατ’ επέκταση στον Ελληνισμό.
Τα επόμενα χρόνια πήρε μέρος σε διάφορες μάχες και ναυτικές επιχειρήσεις στον Κορινθιακό κόλπο με τον Φορμίωνα, το 428 π.Χ., στην Αιτωλία και Ακαρνανία το 426 π.Χ. με τον στρατηγό Δημοσθένη. Το 424 π.Χ. εξελέγη στρατηγός, αυτό το αναφέρει ο ίδιος στην ιστορία του, όπου και τον έστειλαν στην Αμφίπολη της Θράκης, επειδή γνώριζε την περιοχή. Ο στρατηγός των Σπαρτιατών Βρασίδας, εμφανίστηκε ξαφνικά στην Αμφίπολη και σε διαπραγματεύσεις με τους ντόπιους και δίχως να δώσει μάχη, ειρηνικά κατέλαβε την πόλη. Ο Θουκυδίδης βρισκόταν στην Θάσο όταν συνέβη αυτό, τον ειδοποίησε ο Φρούραρχος της Αμφίπολης Ευκλέας, έτρεξε αμέσως στην Αμφίπολη, αλλά η παράδοση είχε γίνει. Πολέμησε εναντίον περισσοτέρων Σπαρτιατών και κατόρθωσε να κρατήσει ελεύθερο το επίνειο της Αμφίπολης, Ηνιόνα.
 |
| Ο Θουκυδίδης στην εξορία, |
Στην Αθήνα του απάγγειλαν κατηγορία, ότι δήθεν αυτός παρέδωσε την Αμφίπολη στον Βρασίδα, ο
Θουκυδίδης κατάλαβε ότι η κατηγορία είχε γίνει από τους πολιτικούς του αντιπάλους, δεν παρουσιάστηκε στο δικαστήριο και προτίμησε να αυτοεξοριστεί, διότι η ποινή θα ήταν θάνατος. Από το 424 μέχρι το 404 π.Χ., έμεινε κυρίως στα κτήματά του στην Σκαπτή Ύλη της Θράκης. Εκεί άρχισε να γράφει την λεπτομερή ιστορία του με επιστημονική μεθοδολογία. Οι λεπτομερείς περιγραφές και οι ακριβείς γεωγραφικές και τοπογραφικές αναφορές του, μας φανερώνουν ότι, έχοντας οικονομική ευχέρεια, ταξίδευε στα πεδία των μαχών, συγκέντρωνε και διασταύρωνε τις πληροφορίες που έγραφε για την Πελοπόννησο, την Ιωνία, την Ιταλία, την Σικελία και σε άλλα μέρη.Το 404 π.Χ., με το τέλος του πολέμου, ο Δήμος των Αθηναίων με ψήφισμά του κατόπιν εισηγήσεως του Οικοβίου, επέτρεψε την επιστροφή όλων των εξορίστων.
Ο Θουκυδίδης επανήλθε στην ταπεινωμένη και κατεστραμμένη Αθήνα. Πόσο έμεινε ακριβώς μας είναι άγνωστο, όπως το πότε και που πέθανε δεν το γνωρίζουμε ακριβώς, έχουν χαθεί αυτές οι πληροφορίες, μάλλον φαίνεται ότι πνίγηκε σε ναυάγιο. Ο Μαρκελλίνος που έγραψε τον «Βίο του Θουκυδίδη», μας αναφέρει ότι στον τάφο του ήταν στημένο ένα «Ικρίον» (κατάρτι), έτσι συνήθιζαν να κοσμούν τους τάφους αυτών που χάνονταν στα ναυάγια. Από τα έργα του, διέσωσε η κόρη του μόνο την ιστορία του η οποία αποτελείται από οκτώ βιβλία. Σε αυτά περιγράφει με πολλές και ακριβείς λεπτομέρειες όλα τα πολιτικά και τα στρατιωτικά γεγονότα του Πελοποννησιακού πολέμου, από το 431 έως το 411 π.Χ., η ιστόρηση αυτών μοιάζει πολύ με τα άρθρα των σημερινών καλών πολεμικών ανταποκριτών.
Το έργο του όμως σταματάει απότομα, φταίει προφανώς ο ξαφνικός του θάνατος, που δεν του επέτρεψε να το ολοκληρώσει. Τα υπόλοιπα χρόνια αυτού του πολέμου τα περιγράφει ο Ξενοφών στο έργο του «Ελληνικά».Σύμφωνα με τον Διογένη τον Λαέρτιο, το έργο του το παρουσίασε με σεβασμό ο Ξενοφών, ο οποίος στηρίχθηκε σε αυτό. Τον χωρισμό του έργου του σε 8 βιβλία και 900 κεφάλαια, τον έκαναν αργότερα οι Αλεξανδρινοί σοφοί της Βιβλιοθήκης, όταν αντιγράψανε το έργο του και έκαναν περισσότερα αντίγραφα. Η χρονολόγηση που ακολουθεί ο Θουκυδίδης, είναι με τα χρόνια του πολέμου, χωρίζει τον χρόνο σε θέρος (8 μήνες) και σε χειμώνα (4 μήνες). Για μεγαλύτερη ακρίβεια χρησιμοποιεί τρεις συγχρόνως χρονολογήσεις, του Άργους, της Αθήνας και της Σπάρτης, επειδή οι αντίπαλοι δεν είχαν κοινή χρονολόγηση. Η χρησιμοποίηση των Ολυμπιάδων, σαν χρονική σταθερά για την χρονολόγηση, έγινε για πρώτη φορά από τον Τίμαιο τον Ταυρομένιο, (η περίφημη σήμερα Ταορμίνα της Σικελίας) 346 – 250 π.Χ. από την Μεγάλη Ελλάδα. Ο Θουκυδίδης είναι ο πρώτος ιστορικός της κλασικής αρχαιότητας που χρησιμοποιεί μεθοδικά την κριτική έρευνα, την διασταύρωση και την αξιολόγηση των πληροφοριών που συγκεντρώνει. Επίσης έχει απαράμιλλη παρατηρητικότητα και πλήρη αμεροληψία, καταπνίγοντας τις προσωπικές του πολιτικές προτιμήσεις.
Είναι ο πρώτος που αντιλήφθηκε την σπουδαιότητα του οικονομικού παράγοντα για την διεξαγωγή κάθε πολέμου, όπως είναι οι εφεδρείες, τα πολεμοφόδια, καθώς επίσης το ηθικό του στρατεύματος και η ψυχολογία των πολιτών. Πίστευε, ότι όλα τα γεγονότα έχουν ανθρώπινη αιτιολογία και σκοπό. Ο πόλεμος γίνεται είτε από την υπέρμετρη φιλοδοξία των ανθρώπων, είτε για τα εμπορικά και οικονομικά συμφέροντα. Η τύχη για αυτόν, δεν είναι παρά η αλληλουχία γεγονότων, τα οποία δεν έχουν προβλεφθεί πολλές φορές, που έχουν ενδοκοσμική αιτία και όχι θεϊκούς παράγοντες (εδώ αποδεικνύεται ότι ήταν και καλός φιλόσοφος και ότι, ήταν απαλλαγμένος από θρησκευτικές αγκυλώσεις, προλήψεις, προκαταλήψεις και εμμονές).Ο Θουκυδίδης καταγράφει λεπτομερώς τους λόγους και τις δημηγορίες των πολιτικών αρχηγών και των στρατηγών, οι οποίες εκφωνήθηκαν προς τους πολίτες και τους στρατιώτες. Αυτά είναι και τα πλέον προσεγμένα μέρη της ιστορίας του, από τα 900 κεφάλαια του έργου του τα 180 είναι δημηγορίες. Σαν επιστήμων ιστορικός, δεν σχολιάζει και δεν δείχνει καμία προτίμηση για τα πολιτεύματα των εμπλεκομένων. Εκδηλώνεται με δημοκρατικό τρόπο, αλλά στο βάθος διακρίνει ο ερευνητής μία σοβαρότητα προς μία Αριστοκρατική Ηθική, Ιωνικής, Πυθαγόρειας, Σωκρατικής και Πλατωνικής υφής.
Ακολουθώντας τον τρόπο γραφής του μεγάλου τραγικού Αισχύλου, δημιουργεί και αυτός δικές του λέξεις «Πυργώνει ρήματα», ουδέτερα επιθέτων και μετοχών αντί για αφηρημένα ουσιαστικά. Από τον Θουκυδίδη εισάγονται πολλά νέα στοιχεία στην Τέχνη της ιστοριογραφίας, όπου σε συνδυασμό με την νηφαλιότητά του, το αντικειμενικό και απρόσωπο ύφος του, δίνουν στο έργο του απαράμιλλη αξία και τον κατατάσσουν μεταξύ των κλασικών συγγραφέων.Συνοψίζοντας, ο Θουκυδίδης είναι ο πιο αξιόλογος ιστορικός της Αρχαίας Ελλάδας, είναι ο πρώτος που εφάρμοσε αμερόληπτα την κριτική στην ιστορική έρευνα και, αναζήτησε τις αιτίες πίσω από όλα τα ιστορικά στοιχεία, τα οποία τον απασχόλησαν κατά την συγγραφή του μνημειώδους έργου του.Δίκαια θεωρείται λοιπόν από τους ειδικούς ως ο θεμελιωτής και ιδρυτής της Επιστήμης της Ιστορίας.
